درباره حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی در مبحث برخورداری از ردیف بودجه، دو نظر وجود دارد. یک نظر اینست که دریافت بودجه دولتی آنها را به دولت و حاکمیت وابسته می‌کند و استقلال آنها را از بین می‌برد. این، نظر امام خمینی بود و هم‌اکنون نیز تعدادی از مراجع تقلید بر همین نظر هستند. نظر دیگر اینست که چون نظام حکومتی کنونی، اسلامی است و حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی با این نظام اشتراک ماهیت و اشتراک هدف دارند، ارتزاق آنها از بودجه دولتی منافاتی با استقلالشان ندارد.

ما با نظر اول موافقیم و انتقادمان به نظر دوم اینست که تعریف استقلال حوزه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی فراتر از آن چیزی است که از مفهوم اصطلاحی این کلمه فهمیده می‌شود. منظور اینست که حوزه‌های علمیه باید در مرتبه‌ای بالاتر از دولت و نظام حکومتی قرار داشته باشند بطوری که بر رفتارهای دولت و نظام نظارت کنند و هرجا لازم بود بتوانند مسیر دولت و نظام را تصحیح نمایند ضمن اینکه تضمینی برای دائمی بودن نظام حکومتی دینی وجود ندارد.