حضرت آیت الله خامنه ای، جهاد و شهادت را فرهنگی ریشه‌دار در حوزه‌های علمیه دانستند و با برشمردن مصادیقی از علمای شهید شیعه و سنّی، افزودند: شهیدِ روحانی یعنی کسی که با جان خود وارد میدان دعوت به خیر می‌شود و امروز نیز به تقویت این روحیه در بین طلاب و فضلای جوان نیاز داریم.

ایشان امام عظیم‌الشأن را الگوی ممتازی از علم و جهاد خواندند و خاطرنشان کردند: آن بزرگوار همچنان‌که اول‌مجاهد دوران خویش و بلکه بسیاری از دوران‌ها بود و جهادی با عظمت‌تر از جهاد او با این نتایج در طول تاریخ شیعه وجود ندارد، در بالاترین مراتب علمی نیز قرار داشت که این نشان می‌دهد ورود در عرصه جهاد هیچ منافاتی با دانش، تحقیق و تدریس ندارد.

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به انواع جهاد از جمله جهاد علمی، نظامی، سیاسی و اجتماعی، افزودند: در هر یک از عرصه‌های جهاد که اولویت و نیاز کشور باشد، مخاطب اول آن که باید با احساس مسئولیت وارد میدان شوند، طلاب و فضلای جوان هستند.

ایشان با ابراز امیدواری به استمرار روحیه و فرهنگ افتخارآمیز جهاد در روحانیت، به دست‌اندرکاران کنگره شهدای روحانی توصیه کردند در ادامه این بزرگداشت‌ها با همفکری اهالی فکر و فرهنگ، نام، تصاویر، وصیت‌نامه و شرح حال و موقعیت شهدای روحانی تکثیر و ترویج شود تا امکان استفاده از موقعیت معنوی آن بزرگواران برای همگان فراهم شود.